Okulumuzun temeli 2007 yılı Aralık ayında hayırseverimiz Sayın Recep Atakaş tarafından merhum kardeşi Sefa Atakaş anısına ve adına yapılmak üzere atılmış, 2008-2009 eğitim-öğretim yılında yapımı tamamlanarak eğitim-öğretime başlamıştır. Okulumuzun kurucu Müdürü Soner Eyüpoğlularıdır. Okulumuzda daha sonra Ahmet Kısa okul müdürlüğü yapmıştır. Şuan Fatin Rüştü UYGUR okul müdürü olarak görevine devam etmektedir. Okulumuz İskenderun ilçesi Denizciler mahallesi yerleşim alanı sınırlarında bulunmaktadır. Okulumuz İskenderun Sefa Atakaş Denizcilik Anadolu Meslek Lisesi olarak kurulmuş olup bu isim 2014-2015 Eğitim Öğretim yılından itibaren Milli Eğitim Bakanlığının almış olduğu karar doğrultusunda İskenderun Sefa Atakaş Mesleki ve Teknik Anadolu Lisesi olarak değişmiştir. Okulumuz da Denizcilik ve Gemi Yapımı olmak üzere iki temel alan bulunmaktadır. Denizcilik Alanı Güverte İşletme ve Gemi Makinaları İşletme dallarında, Gemi Yapımı alanı ise Gemi inşa ve Yat inşa dallarında eğitim vermektedir.120 kişi kapasiteli pansiyonumuz erkek öğrencilere hizmet vermektedir. Denizcilik alanında kadrolu öğretmen ihtiyacı ancak 2014-2015 eğitim öğretim yılında tamamlanabilmiştir. Okulumuz meslekçi müdür yardımcılarına da 2010-2011 Md.Yrd.rotasyonu sonrasında kavuşmuştur. Denizcilik alanında ilçe hatta ilimize ve çevre illere hizmet vermek üzere ulusal ve uluslararası geçerliliği olan çeşitli sertifikalar vermek üzere açılacak olan kurslar için yetkilerimiz alınmıştır. Ayrıca Gemi Terk Havuzu yapımı için İskenderun Deniz Ticaret Odası ile Protokol yapılmış olup 2015-2016 Eğitim Öğretim yılında hizmete girmiştir. Her dönem okulumuz öğrencileri için farklı branşlarda MEB destekli Destekleme ve Yetiştirme kursları açılmaktadır.Okulumuzda 4 idareci,48 öğretmen,1 memur ve 6 yardımcı hizmetler sınıfı personeli bulunmaktadır.
1:Gemicilik Çelik Gemi Yapı İnşa Atölyesi
2:Gemicilik Ahşap Gemi Yat inşa Atölyesi
3:Bilgisayar Destekli Teknik Çizim Laboratuvarı
Okulumuz Beden Eğitimi öğretmenleri Mustafa Yılmaz BÖLÜKBAŞI ve Rical DİŞİBÜYÜK önderliğinde aşağıda belirtilen sportif başarıları kazanmışlardır.
Okulumuz Türk Dili ve Edebiyatı Öğretmenleri tarafından organize edilen faaliyetler ve başarılarımız:
Okulumuza sportif ve kültürel anlamda öğrenci katılımlı olarak yarışmalara katılmaya devam etmektedir.
İskenderun Sefa Atakaş Mesleki Ve Teknik Anadolu Lisesi 2012-2017 yılları arasında Türkiye Ulusal Ajansı ve Avrupa Birliği komisyonu´nun desteklediği ve finanse ettiiği Comenius,Leonardo Da Vinci,Salto Youth Erasmus ve Erasmus plus + Ka 101,Ka 102 Programı Bireylerin Öğrenme Hareketliliği ve diğer öğretmen-öğrenci eğitim hareketlikleri projelerini İngilizce Öğretmenimiz Abdullah BARUT ve Kimya Öğretmenimiz Hüseyin UZUNGELİÇ koordinatörlüklerinde başarıyla yürütmüşlerdir. Erasmus projelerimizden bazıları "Avrupa Birliği Katılım Öncesi Mali Yardım Aracı (Ipa) İnsan Kaynaklarının Geliştirilmesi Operasyonel Programı & Çalışma Ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı Ve Avrupa Birliği Bakanlığı Türkiye Ulusal Ajansı tarafından desteklenmiştir.2012/2017 yılları arasında toplamda 6 önemli Erasmus + yurtdışı eğitim projesini başarıyla koordine ettik ve tamamladık.25 öğretmen ve 40 öğrencimiz Avrupa´nın farklı ülkeleri ve şehirlerindeki eğitim merkezleri ve okullarında kendilerini geliştirme ve farklı kültürleri tanıma fırsatları buldular.İngilizce Öğretmenimiz Abdullah BARUT´un yazdığı ve başarıyla koordine ettiği "Uluslararası kurumsallaşma,eğitim ve öğretimde yeni yöntemler" isimli Erasmus plus projesi Türkiye Ulusal Ajansı tarafından 100 tam puan verilerek başvurusu kabul edilen projeler arasındadır.
Avrupa Birliği ve Türkiye Ulusal Ajansı ( www.ua.gov.tr.) tarafından desteklenen ve finanse edilen projelerimiz;
1:" Öğretmen Ve Öğrenci Motivasyonu Ve Gelişimi İçin Eğitim Ve Öğretimde Yenilikçi Yaklaşımlar Ve Ufuklar" Erasmus plus+ projesi " İngiltere / Fransa / Hollanda" Koordinatör:İngilizce Öğretmeni Abdullah BARUT
2:" Uluslararası kurumsallaşma,eğitim ve öğretimde yeni yöntemler" Erasmus plus + projesi "İrlanda / Malta / Hollanda " Koordinatör: İngilizce Öğretmeni Abdullah BARUT
3:"Denizcilerin Avrupa´da Eğitimi ve stajı" Leonardo Da Vinci projesi "İtalya" Koordinatör: Kimya Öğretmeni: Hüseyin UZUNGELİÇ
4:"Gemicilerin Avrupa´da eğitimi ve çalışmaları" Erasmus plus projesi " İspanya / Almanya " Koordinatör: Kimya Öğretmeni: Hüseyin UZUNGELİÇ
5:" İngilizce Öğretiminde sınıf yönetimi " Comenius projesi "Exeter / İngiltere" Koordinatör:İngilizce Öğretmeni Abdullah BARUT
6:" Kültürlerarası iletişim,Küresel düşünme," Erasmus Salto projesi "Malaga /İspanya " Koordinatör: İngilizce Öğretmeni : Abdullah BARUT
2011-2012 Eğitim-Öğretim yılında ilk mezunlarını veren okulumuz 2011-2012 eğitim Öğretim yılında lisans ve önlisans olarak %68,2012-2013 de %71,2013-2014 de %65 ve 2014-2015 de %74 yerleştirme başarısını göstermiştir.